ca. 1275 – 1485: Kloosterperiode
De kerk is kapel van het klooster. Ook de dorpelingen van ten Boer gingen in het klooster ter kerke. Over het klooster zelf is vrijwel niets bekend. Wel is bekend dat er een abt was, die blijkens geschriften optrad als scheidrechter bij waterschapsconflicten. Uit een brief van de bisschop van Munster blijkt dat het klooster in
1485 wordt samengevoegd met dat van Thesinge. Bij deze feitelijke opheffing van het klooster wordt tevens bepaald dat de kerk als parochiekerk voor de dorpelingen van Ten Boer beschikbaar moet blijven.
1485 – 1594: Roomskatholieke parochiekerk
Over deze periode is niet veel bekend. Waarschijnlijk is de beeldenstorm van 1566 ook aan de Kloosterkerk van Ten Boer niet ongemerkt voorbij gegaan.
1594 – heden: Protestantse kerk
Bij de reductie van Groningen in 1594 gaat de kerk over in protestantse handen. De laatste pastoor, Johannes Feito, wordt tevens de eerste predikant. De huidige predikant, ds. E. Posthumus Meyes is bevestigd op 14 april 2014. Zij is de 42-ste predikant in Ten Boer.